Über die mitgelieferte certmgr.exe von Windows 7 können keine Zertifikate über Kommandozeile installiert werden. Hierzu muss die certmgr.exe aus dem „Microsoft Windows Software Development Kit (SDK)“ verwendet werden.
https://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=8279
Beispiele für Zertifikatsinstallationen:
Installation des Zertifikates in den Zertifikatsspeicher “Vertrauenswürdige Stammzertifizierungsstellen” [Computer]
CertMgr.exe -add -all "mycert.cer" -s -r localmachine Root
Installation des Zertifikates in den Zertifikatsspeicher “Zwischenzertifizierungsstellen” [Computer]
CertMgr.exe -add -all "mycert.cer" -s -r localmachine CA
Entfernen eines Zertifikates aus dem Zertifikatsspeicher “Vertrauenswürdige Stammzertifizierungsstellen” [Computer]
CertMgr.exe -del -c -n "Cert Name" -s -r localmachine Root
WeitereInformationen zur certmgr.exe unter
https://msdn.microsoft.com/de-de/library/windows/desktop/aa376553%28v=vs.85%29.aspx